摘要:
目的 利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和生物信息學(xué)探討小檗胺治療特發(fā)性肺纖維化的作用機(jī)制。方法 利用PharmMapper和Super-PRED數(shù)據(jù)庫檢索小檗胺的作用靶點(diǎn),利用GeneCards數(shù)據(jù)庫檢索特發(fā)性肺纖維化疾病靶點(diǎn),并利用GEO數(shù)據(jù)庫下載GSE110147數(shù)據(jù)集,進(jìn)行差異分析,獲得特發(fā)性肺纖維化差異表達(dá)基因(DEGs)。上述靶點(diǎn)取交集獲得小檗胺治療特發(fā)性肺纖維化的潛在作用靶點(diǎn)。使用String數(shù)據(jù)庫和Cytoscape軟件進(jìn)行蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)分析,篩選出核心靶點(diǎn)。利用Metascape數(shù)據(jù)庫進(jìn)行富集分析,構(gòu)建“成分-靶點(diǎn)-通路-疾病”網(wǎng)絡(luò)圖。利用Autodock Vina和Discovery Studio等軟件進(jìn)行分子對(duì)接和可視化。利用GeneMANIA數(shù)據(jù)庫的功能關(guān)聯(lián)(GMFA)網(wǎng)絡(luò)分析進(jìn)一步豐富網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究內(nèi)容。結(jié)果 共獲得32個(gè)小檗胺治療特發(fā)性肺纖維化的潛在作用靶點(diǎn),基因本體(GO)功能主要與細(xì)胞遷移、傷口愈合以及激酶調(diào)節(jié)相關(guān),京都基因與基因組百科全書(KEGG)通路主要富集在表皮生長因子受體(EGFR)酪氨酸激酶抑制劑耐藥、磷脂酰肌醇激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信號(hào)通路、叉頭盒轉(zhuǎn)錄因子(FoxO)信號(hào)通路等。核心靶點(diǎn)為半胱天冬蛋白酶-3(CASP3)、胰島素樣生長因子1(IGF1)、缺氧誘導(dǎo)因子1亞基α(HIF1A)、磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亞基α(PIK3CA),均與小檗胺具有良好結(jié)合能力。結(jié)論 通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合生物信息學(xué),輔以GMFA網(wǎng)絡(luò)分析和分子對(duì)接驗(yàn)證,揭示小檗胺可能通過多靶點(diǎn)和多通路發(fā)揮治療特發(fā)性肺纖維化的作用。