摘要:
目的 基于網(wǎng)絡藥理學與分子對接探討清肺達原顆粒治療新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)的主要活性成分、靶標及通路,以期闡述其作用機制。方法 通過TCMSP、ETCM、YATCM數(shù)據(jù)庫檢索清肺達原顆粒的中藥化學成分,以口服生物利用度(OB)≥30%和類藥性(DL)≥0.18為閾值篩選潛在的活性化合物。通過SIB、STITCH數(shù)據(jù)庫查詢活性化合物對應的靶標,利用STRING數(shù)據(jù)庫獲取蛋白-蛋白相互作用(PPI)網(wǎng)絡和網(wǎng)絡拓撲參數(shù),導入Cytoscape 3.6.0對網(wǎng)絡進行分析,篩選關(guān)鍵靶標。通過DAVID進行基因本體(GO)功能富集分析、京都基因與基因組百科全書(KEGG)通路富集分析和組織富集(tissue enrichment)預測其作用機制。利用AutoDock將化合物與新型冠狀病毒(SARS-CoV-2)S蛋白受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域與血管緊張素轉(zhuǎn)化酶II(ACE2)蛋白酶結(jié)構(gòu)域復合物(SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2)進行分子對接。結(jié)果 篩選得到清肺達原顆?;钚曰衔?51個,對應靶點共1 037個;篩選出關(guān)鍵靶標107個,對應化合物185個,關(guān)鍵靶點涉及ESR1、AR、EGFR、KDR、MMP2等,與ACE2共表達基因52個。GO功能富集分析結(jié)果顯示清肺達原顆粒主要對細胞表面信號轉(zhuǎn)導、分子功能、磷酸化和轉(zhuǎn)錄等生物學過程起調(diào)節(jié)作用,KEGG通路富集主要涉及趨化因子信號通路、T細胞受體信號通路、B細胞受體信號通路、自然殺傷細胞介導的細胞毒性和Toll樣受體信號通路等。組織富集顯示關(guān)鍵基因表達部位主要分布在肺及上皮細胞,涉及多種免疫細胞,如T細胞、B細胞、淋巴細胞等。分子對接結(jié)果顯示與SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2復合物親和力較好的化合物主要來源于柴胡、黨參、知母、甘草,其中柴胡皂苷、甘草酸、知母皂苷與SARS-CoV-2- S-RBD-ACE2復合物結(jié)合力較強,可能為抗SARS-CoV-2的潛在活性成分。結(jié)論 清肺達原顆粒具有多成分、多靶點、多途徑的整體調(diào)控特點。其中柴胡皂苷、甘草酸、知母皂苷可能為抗SARS-CoV-2的潛在活性成分,治療COVID-19的作用機制可能與調(diào)控ACE2共表達的基因、調(diào)節(jié)炎癥和免疫相關(guān)的信號通路、影響SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2復合物的穩(wěn)定有關(guān)。